당시 신세계 측은 당초 공모 제안서와 달리 지상주차장과 사이언스몰 아트리움 분절 등 3개의 판상형 건물배치와 백화점형 복합쇼핑몰, 사각형 타워 랜드마크 건물로 건립하겠다고 제안했으나, 신세계 경영진이 돌연 사이언스타워 디자인 개선 필요성을 제기하며 건물 설계 변경이 진행됐다. 이로 인해 2017년 상반기 착공 계획도 물 건너갔다. 건립공사는 2017년 말 기공식을 갖고 2018년 상반기가 돼서야 본격적인 공사에 돌입할 수 있었다. 이 시기는 대전시장의 궐위로 신세계가 이 틈을 타 공사를 주저한 모습이 역력하다.
이후 공사가 한창이던 지난해 하반기 또다시 설계 변경 논란에 휩싸였다. 타워 건축물이 당초 원통형에서 평면으로 바뀌었다는 것이다. 대전시의회 행정사무감사에선 시가 사이언스콤플렉스 건물의 설계변경을 세 차례나 해 줬다고 추궁했다. 공모 때부터 평면으로 했으면 과연 신세계가 사업을 진행할 수 있을지는 아무도 알 수 없다. 평면으로 바꾼 이유는 원통형 건립 시 필요 없는 공간이 생겨 설계변경이 불가피했다는 게 시의 설명인데, 이는 당초 설계 때부터 충분하게 검토됐어야 하는 대목이어서 이해하기 어려운 설명에 불과하다. 수년간 상황을 볼 때 대기업의 꼼수에 대전시가 놀아나고 있다는 비판에서 자유로울 수 없다.
일각에선 신세계가 설계변경으로 공사비 절감과 공간 활용으로 수백억원의 이득을 챙기게 됐다는 얘기가 들린다. 대전시는 이 부분을 철저하게 조사해 이득 보는 부분이 시민들에게 돌아갈 수 있도록 하는 방안을 고민해야 할 것이다.
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