ETRI 108억원 '세금 폭탄'

출연연ㆍ대학산단에 '기술료 성과급' 예고없이 추징 “세무서 과세는 부당” 행정소송 제기 잇따라

대덕특구 내 정부출연연구기관(이하 출연연)과 전국 대학의 산학협력단(산단)이 국세청의 예고 없는 세금폭탄으로 혼란에 빠졌다.

기술사업화를 통한 인센티브 성격의 기술료 성과급은 그동안 발명진흥법(직무발명 보상제도)상 비과세 대상이었지만, 최근 세무당국이 예고 없이 출연연과 대학에 10억~100억원대 세금과 과징금 납부를 통지했기 때문이다.

기술료 성과급에 대한 법제도가 일관성 없고 모호한 상태에서 연구자들에게 세금 납부를 요구하는 것은 잘못이라며 해당 출연연과 대학들은 행정소송을 진행하는 등 연구현장이 기술료성과급 과세문제로 크게 요동치고 있다.

▲느닷없는 세금 쓰나미, 출연연ㆍ대학 연구실 초토화=근로소득세와 과징금이 부과된 출연연은 10여 곳이다. 그동안 각종 기술사업화로 출연연 가운데 가장 많은 기술료 수익을 거둔 한국전자통신연구원은 지난 5년간 기술료 성과급에 대한 근로소득세와 가산세 등을 포함해 모두 108억 원의 세금을 추징받았다.

한국 원자력 11억원, 기계연구원 8억 6000만원, 생명연 8억원, 화학연 6억 8000만원 건설기술연구원 5억 원, 재료연 6000만원 등인 것으로 알려졌다. 기술사업화에 주력해 온 충남대를 비롯한 부산대 등 전국 36개 대학 산단도 기술료 성과급에 대한 과세통보를 받거나 과세를 위해 세무서에서 기술료관련 자료를 요구하는 등 기술료 과세 쓰나미가 연구현장에 몰아치고 있다.

이처럼 출연연과 각 대학 산단에 기술료성과급에 대한 세금부과 쓰나미가 시작된 것은 지난해 감사원이 국세청과 지방세무서에 대한 감사에서 촉발됐다. 감사원은 발명진흥법에 따라 부과하지 않았던 기술료를 근로소득, 또는 기타소득으로 판단하고 과세를 지시, 관할 세무서들은 출연연과 각 대학 산단에 최근 5년간 지급된 기술료 성과급에 대해 근로소득세 내지는 기타소득세와 과징금 납부를 통보한 것이다.

5년치 세금뿐 아니라 납부 불이행에 따른 과징금까지 합산, 납부를 통지해 그동안 기술개발과 기술이전을 해 온 연구원과 교수들이 탈세자라는 오명까지 뒤집어쓰게 됐다.

▲출연연, 대학들 행정소송도 불사=108억 원을 세금을 추징당한 한국전자통신연구원(ETRI)는 조세심판을 청구했으며, 현재 세무서의 기술료에 대한 과세가 부당하다며 행정소송을 제기했다.

1인당 적게는 100만 원에서 많게는 억대를 넘는 연구원도 있어 세금과 과징금을 내기 위해 금융기관에서 대출을 받는 연구원들이 속출하고 있다. ETRI 뿐 아니다.

그동안 기술료 성과급 비과세 적용을 받던 생명과학연구원, 기계연구원, 원자력연구원, 지질자원연구원, 화학연구원, 한의학연구원, 한국과학기술정보연구원 등 대덕특구 8개 연구기관과 전국 대학의 산단들도 조세심판을 청구했으며, 행정소송을 준비하고 있다.

대학 산단 관계자는 “그동안 기술료 성과급은 기술이전을 독려하기 위해 직무발명 보상제도에 따라 비과세 대상이었다. 하지만, 세무당국이 최근 기술료성과급은 비과세대상이 아니라며 세금납부를 통지했다. 출연연 뿐 아니라 전국의 대학 산단들도 조세심판을 청구하고 행정소송을 제기할 계획이다”라고 말했다.

권은남 기자 silver@