검찰청 해체가 확정된 가운데 검찰의 보완수사권 폐지 여부와 행안부로의 권력 기관 집중 등을 두고 논란이 커지고 있다. 검찰개혁에 앞장섰던 진보 성향의 법조인들조차 검찰의 보완수사권 폐지에 반대의 목소리를 내고 있다. 참여연대 공동대표인 한상희 건국대 법학전문대학원 교수는 언론 인터뷰에서 "보완수사 폐지는 검찰개혁과는 다른 문제"라며 "보완수사 폐지는 경찰의 수사 결과를 검증하는 기구가 없어지는 것"이라고 주장했다.
검찰 권력을 조정하거나 배분할 때는 반드시 견제할 수 있는 장치를 마련해야 하는 데 대안이 전무한 상황이라는 지적이다. 행안부 산하에 민주적 통제 장치 없이 경찰과 국가수사본부, 중수청 등 수사기관을 집중시키는 것은 '공룡 권력기관'을 만드는 것이라는 얘기다. 경찰 등 1차 수사기관에 대해 검찰의 보완수사권이 없으면 사건 처리 지연 등으로 국민 피해가 커질 우려가 있다는 의견이 많다.
검찰 조직이 해체 지경에 이른 것은 정치 권력에 기대어 권한을 남용한 자업자득 측면이 있다. 날 선 칼을 쥔 검찰을 이용한 정치 권력 역시 책임에서 자유롭지 않다. 검찰개혁은 정치 중립성과 공정성이 생명이나 이에 대한 논의는 실종됐다. 수사 혼란으로 사건 처리 지연·미제사건 증가 등 범죄자가 제대로 단죄되지 않아 활개를 치고, 피해자의 고통이 가중된다면 검찰개혁이라 할 수 없다. 국민 누구라도 범죄 피해자가 될 수 있다. 정부와 여당은 시간이 걸리더라도 국민 피해를 막기 위한 방안을 내놓아야 한다.
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